Notre histoire se passe en Juin 1983 où un jeune garçon, Keiichi Maebara, déménage à Hinamizawa avec ses parents. Dans ce petit village de campagne où tout les habitants sont conviviaux et solidaires, il passe des jours heureux en compagnie de quatre de ses camarades de classe : Mion Sonozaki, jeune héritière du village qui n'a pas sa langue dans sa poche, Rena Ryuugû, fille de son âge qui a une passion pour les choses mignonnes, Satoko Hôjô, une petite peste attendrissante et Rika Furude, une gentille petite fille très douce. Mais bien vite, un photographe nommé Tomitake vient l'avertir qu'il y a cinq ans, un projet de barrage fit grand bruit à Hinamizawa. Ce barrage devait submerger le village, et tout les habitants se sont mobilisés contre ce projet jusqu'à ce qu'un meurtre survint : le chef du chantier fut assassiné et son corps démembré. Le bras droit de la victime n'a d'ailleurs jamais été retrouvé. Le coupable court toujours. Un policier, Claudio Oîshi, vient ensuite lui faire part de son enquête. Depuis ce meurtre, chaque année, le soir du Watanagashi (une tradition dans le village, c'est une fête où Rika doit effectuer un rituel pour qu'ensuite les habitants prennent un bout de coton et le déposent sur la rivière) une personne meurt et une autre disparait. De plus, tout ces meurtres avaient un rapport avec une de ses amies. Quand le jeune garçon les interroge, elles préfèrent se taire ou feindre l'ignorance.
A mieux, y regarder, les amies de Keiichi ne sont peut-être pas aussi innocente qu'elles ne le paraissent... De plus, les autres habitants n'ont pas l'air très roses non plus...
Sans parler de ce démon "Oyashiro-sama", divinité du village, qui réclame encore et toujours des sacrifices, la nuit du Watanagashi...

Meurtre ? Ou bien malédiction ? Qui se trouve derrière tout ça ?
Mystère...